Em 2000, participa das coletivas Brasil + 500 Mostra do Redescobrimento, Fundação Bienal (SP); Século 20: Arte do Brasil, Fundação Calouste Gulbenkian (Lisboa); no Centro de Arte Moderna José de Azeredo Perdigão (Lisboa); e Situações: Arte Brasileira Anos 70, na Fundação Casa França-Brasil (RJ).

Em junho do ano seguinte, realiza individual na Galeria Nara Roesler (SP). Para o catálogo, o artista escreve o texto “Pequena bula”, em que explica o processo de elaboração dos trabalhos apresentados:

“São pinturas que começam com uma monotipia (...) Esta impressão se dá em áreas escolhidas, já cobertas pela poeira depositada pela atividade da indústria na moagem dos pigmentos que produz (...) de forma que a impressão capture os desenhos e as tensões gráficas dessas áreas. Um repertório de formas são utilizadas, como um alfabeto que constrói aos poucos, e por partes, o discurso do trabalho. Essas formas podem ser recortes em papelão, tecido, madeira, metais, borracha (...) materiais que obedecem e materiais que não obedecem docilmente (...)”

Realiza individual na Silvia Cintra Galeria de Arte (RJ).

Em 2002, é convidado a fazer parte do projeto Artecidadezonaleste (SP), para o qual cria uma intervenção na praça da estação Brás do metrô. Nas palavras de Nelson Brissac Peixoto, curador do evento, o trabalho de Vergara é:

“(...) uma intervenção sobre esta situação aparentemente inerte, uma ação que eventualmente detone um processo de ocupação deste vazio, inibido pelo rígido programa preestabelecido pelo planejamento urbano. (...) consiste em instalar no local um conjunto de barracas, do tipo usado pelos camelôs. As barracas, feitas de vergalhões de ferro, aparecem intencionalmente inconclusas, um esqueleto que pode ser completado com tampas e toldos ou utilizado para outros fins. Essa estrutura inacabada não obedece às bases de concreto existentes no local para disciplinar sua ocupação por camelôs, deixando em aberto a configuração urbana resultante (...)”

Em dezembro, tem sala especial na mostra ArteFoto, no Centro Cultural Banco do Brasil (RJ), com curadoria de Ligia Canongia, e seu trabalho Cacique de Ramos: Iguais Diferentes ganha destaque. Na ocasião, mostra fotografias realizadas entre 1972 e 1975 e plotagens recentes a partir do mesmo material.

A partir de maio de 2003, apresenta a primeira grande retrospectiva de seu trabalho, no Santander Cultural (POA), no Instituto Tomie Ohtake (SP) e no Museu Vale do Rio Doce, Vila Velha (ES), com curadoria de Paulo Sergio Duarte.